Os Primeiros Habitantes
Darcy Ribeiro em expedições realizadas entre 1949 e 1954, atestou a existência dos Urubu-Kaapor, do tronco Tupi, no noroeste do Maranhão e sudeste do Pará. Os estudos incluíram ainda os timbiras, guajajaras, tembés, guarás, canelas. Os estudos de Darcy Ribeiro se deram ao longo dos rios Gurupi e Pindaré. Quanto à região dos Cocais não parecem ter permanecido aqui muito tempo, mas pelo menos por essa região passaram temporariamente, em fuga dos massacres sofridos na época.
Urubu, o Primeiro Nome
O município, ao longo de sua História recebeu vários nomes: Urubu, Porto dos Urubus, Monte Alegre e finalmente Timbiras.
Urubu era uma povoação à margem direita do rio Itapecuru, pertencente ao município de Codó, onde antigamente havia uma aldeia de índios. Segundo consta, o nome se justificava pela grande presença dessa ave no local, mais especificamente no povoado Sardinha, a dois quilômetros de onde hoje é a sede. No entanto, parece ser mais lógico crer que o nome deriva da presença da tribo de índios do mesmo nome, os urubus.
O local passou a ser ponto de referência para os viajantes que por ali passavam navegando pelo Itapecuru, motivo pelo qual recebeu o nome de "Porto dos Urubus". Depois de alguns anos chegaram à região as primeiras famílias descendentes de portugueses e italianos, chefiados pelo Senhor Têta de Araújo, que conservaram o nome Urubu para a localidade.
Ali se estabeleceu a freguesia de Santa Rita dos Urubus, através da Lei Provincial nº 13, art. 1º, § 2°, de 8 de maio de 1835. Mas segundo o historiador Ribeiro do Amaral, a Comarca e a vila de Santa Rita dos Urubus foram criadas na mesma data, em 1836.
As terras onde hoje se localiza a sede do município eram habitadas por índios timbiras. Os moradores de Porto dos Urubus se mudaram para este local por causa das enchentes do Itapecuru que inundavam constantemente o povoado original. Porto dos Urubus, que apesar de tudo facilitava a penetração para o interior, continuou tendo a sua importância e passou a ser chamado por seu primeiro nome, o do povoado extinto, Sardinha.
Em 1836, foi criada a sede da Comarca de Urubu e dois anos depois, por influência do ex-regente do Império Bráulio Muniz, foi transferida a sede da Comarca para ao vila de Codó. A transferência foi determinada pela Lei Provincial nº 68, de 21 de julho de 1838. Com essa ação a comarca foi elevada à categoria de vila. Mas com a mudança da sede da comarca, a vila entrou em decadência.
Monte Alegre
Em 1900 chegaram à região e aí fixaram residência alguns frares capuchinhos e franciscanos, que trocaram a denominação do local para Monte Alegre, em 1920, dizendo não haver mais nenhuma razão para a adoção do nome Urubu, que achavam pejorativo.
Desmembramento e Redução da Vila
O território passou oficialmente à condição de Vila Monte Alegre quando foi desmembrado do município de Codó e de reduzida parte do município de Coroatá através do Decreto-Lei estadual nº 921 de 5 de abril de 1928, por determinação do então Interventor do Maranhão, Urbano Santos da Costa Araújo.
Primeira Decadência da Vila
Em 22 de abril de 1831, através do Decreto-Lei nº 75, Urbano Santos, ainda na condição de Interventor do Maranhão, alegando que o município criado não possuía rendimento à altura exigida para permanecer autônomo, voltou a submetê-lo à subordinação de Codó.
Autonomia do Povoado Monte Alegre
A partir de 1918 com o aumento da população. O desenvolvimento do comércio e o crescimento da produção agrícola, sentiu-se a necessidade da autonomia do povoado.
O processo de emancipação teve início através do Projeto nº 40, do Congresso do estado do Maranhão, publicado no Diário Oficial nº 70, de 27 de março de 1920. A Lei nº 921, de 5 de abril de 1920, sancionada por Urbano Santos, já na condição de Presidente do estado do Maranhão, elevou à categoria de vila a povoação Monte Alegre e á de município a zona ocupada pelo 6º Distrito Policial de Codó. A lei definiu ainda os limites do novo município.
Monte Alegre e a União dos Partidos Políticos
Quando Monte Alegre foi impedido de ser município, de acordo com o decreto acima citado, existiam na localidade dois partidos políticos: o Magalhenista, do governo, e o Republicano, de oposição. Os magalhenistas eram liderados pelo Coronel Benedito Brandão Melo e Alvim, enquanto os republicanos tinham como líder o Sr. Francisco Jocker Ribeiro. Pelo interesse comum, os dois se uniram para juntos aos poderes públicos lutarem pela restauração da autonomia do município, o que acabaram conseguindo quando da promulgação do Decreto-Lei nº 144, de 27 de julho de 1931.
Segunda Decadência de Monte Alegre
Com a restauração do município, foi nomeado interventor municipal o Sr. Benedito Brandão de Melo e Alvim, que pouco governou, sendo exonerado do cargo em 1933. Em 16 de julho daquele ano o Decreto-Lei nº 539 suprimiu de novo a qualidade de município de Monte Alegre. Veio então nova luta política pela autonomia, que enfim obteve êxito através da Lei nº 837, de 3 de julho de 1935.
Timbiras, o Novo Nome do município
Com as mudanças da situação política da localidade, a luta pela criação do município de Monte Alegre logrou mais uma vitória: a elevação à categoria de cidade através do Decreto-Lei nº 45, de 29 de março de 1938.
Acreditava-se que a localidade fora habitada inicialmente pela tribo dos timbiras, ou que, na menor das hipóteses, essa tribo acampara algum tempo no local. Essa lembrança inspirou a idéia de mudar-se mais uma vez e em definitivo o nome do município. O Decreto-Lei nº 820, de 30 de dezembro de 1943 determinou que Timbiras fosse a partir de então o nome do município.